גם צה"ל נערך לסופה. הבוקר (שלישי) הפעיל צה"ל את פקודת 'עין הסערה', שבמסגרתה הוא החל לפריסת כוחות רלוונטיים שיסייעו לתת מענה לאירועי מזג האוויר בגזרות השונות. במקביל, יצומצמו אימונים ותרגילים – זאת בהתאם לתנאי מזג האוויר שישררו בימים הקרובים.

בפיקוד מרכז וברחבי פיקוד צפון ריכזו כלים הנדסיים הכוללים מפלסות שלג וגם נגמ"שים שיעסקו בפינוי הצירים. הכלים יופעלו גם לשינוע של כוחות הצלה או צוותים של חברת חשמל במקרה הצורך.

במקביל, נפרסו 4 גדודים של פיקוד העורף ברחבי פיקוד צפון ומרכז, שתכליתם לסייע בפינוי, חילוץ וכל דבר שיידרש בהמשך. את אנשי פיקוד העורף מתגברים גדוד 202 של הצנחנים באזור ירושלים וגדוד 603 של הנדסה באזור צפת. בצה"ל נערכים לאפשרות שלוחמי הצנחנים וההנדסה יחלקו ציוד חם ומזון למי שיזדקק.

גם מתאם פעולות הממשלה בשטחים נמצא בקשר רציף עם הרשות הפלסטינית כדי לסייע להם ולתאם פעילות משותפת במקרה שיצטרכו עזרה.

יצוין, כי כבר לפני כמה שבועות העבירה ישראל לפלסטינים גנרטורים ומשאבות להתמודדות עם שיטפונות והצפות. בשלב זה מי שמנהל את האירוע זו המשטרה והמשרד לביטחון הפנים, אבל בצה"ל נערכים לכך שאם מזג האוויר יחמיר, האחריות תועבר לידי צה"ל ומשרד הביטחון.